Впервые мощи святителя Феодосия Черниговского были обретены нетленными через 76 лет после его блаженного преставления, 14-го февраля 1772 года, когда они, по благословению местного епископа Феофила, переложены были в новой деревянной гроб (свт. Феодосий почил 6-го февраля 1696 г.). Первый кипарисовый гроб угодника Божия был роздан по частям богомольцам.
С 1850 года, при соборе Черниговском, велась постоянная подробная летопись о чудесах по молитвам к святому Феодосию, а также и в некоторых других местах.
Почитание народом святителя Феодосия как святого, многочисленные случаи чудесного исцеления от его нетленных мощей, обратили на себя внимание и гражданской власти, что и выразилось в 1889 году во всеподданнейшем докладе черниговского губернатора. Этот доклад, в свою очередь, обратил на себя внимание Государя Императора Александра Александровича.
Посему Св. Синод нашел благовременным приступить к удостоверению о нетлении тела почившего святителя и о чудесных явлениях, совершающихся при гробе его.
Тело святителя, несмотря на почти 200-летнее пребывание в пещере, не отличавшейся притом сухостью, оказалось нетленным. Вместе с тем было надлежащим образом обследовано много случаев чудесных исцелений чрез молитвенное призывание святого Феодосия, засвидетельствованных под присягою самими исцеленными, их сродниками и очевидцами.
Ввиду сего Св. Синод определил: «Во блаженной памяти почившаго Феодосия, архиепископа Черниговскаго, причислить к лику святых, благодатию Божиею православленных, и нетленное тело его признать святыми мощами. Память святителя праздновать 5 февраля и в день открытия мощей святителя (Прим.: т.е. соответственно 18 февраля и 22 сентября н. ст.), а для торжества открытия мощей святителя, во исполнение ВЫСОЧАЙШЕЙ воли Государя Императора НИКОЛАЯ II, назначить 9 день сентября текущаго 1896 года».
Всё лето шли приготовления к торжеству: в центре Чернигова были отремонтированы дома, улицы заново вымощены, отремонтированы существовавшие и выстроена новая гостиница, для простонародья построены два деревянных городка с электрическим освещением, утеплёнными бараками, столовыми и чайными. Они могли вместить до 100 тысяч паломников. Были оборудованы комнаты первой медицинской помощи с постоянным дежурством доктора и двух фельдшеров.
Временные городки снабдили противопожарными средствами.
В начале сентября в Чернигов начали прибывать гости изо всех уголков Российской империи. Управление Московско-Воронежской железной дороги увеличило число поездов для доставки богомольцев. Множество верующих приходило пешком, даже из таких отдалённых губерний, как Архангельская, Оренбургская, Пермская.
Торжества начались 17 (н.ст.) и продолжались до 22 сентября 1896 г. Для поддержания порядка была прислана дополнительная воинская команда. 17 сентября, после молебна в пещере Борисоглебского собора, было совершено переоблачение мощей, при этом панагия и митра возложены на святителя те же, что были на нём при погребении в 1969 г.
18 сентября состоялся крестный ход от железнодорожного вокзала до кафедрального собора с перенесением хоругвей. В тот же день установлена новая, 10-пудовая, серебряная рака, изготовленная на деньги известного сахарозаводчика и мецената Николы Артемьевича Терещенко (1820-1903) по рисунку профессора Прахова в виде древнего саркофага, стоимостью 35 000 рублей.
В 1920-е годы она была уничтожена атеистами.
Вечером во всех храмах Чернигова началось заупокойное Всенощное бдение. В город стекались всё новые богомольцы. Городская управа организовала на вокзале справочные бюро, в которых давали информацию о сдаче квартир и ценах на них.
19 сентября стали прибывать высокопоставленные лица: киевский митрополит Иоанникий, архиепископы, епископы, товарищ обер-прокурора В. Саблер, начальник Киевского военного округа Драгомилов, губернские и уездные предводители дворянства.
20 сентября в заупокойной Литургии участвовал хор из 150 певчих, сослужители были в белых облачениях. По окончании Литургии была совершена последняя панихида по архиеп. Феодосию. В тот же день вечером, накануне праздника Рождества Пресвятой Богородицы, во многих храмах города были совершены архиерейские богослужения.
Вечером 21 сентября невозможно было проникнуть на Всенощное бдение: войска, конные жандармы и казаки с трудом сдерживали народную массу. Деревья и крыши соседних домов были унизаны людьми.
После чтения паремий и ектении богомольцы зажгли свечи. Отворились царские врата, начался выход на литию. При колокольном звоне и пении стихир состоялся крестный ход из Спасо-Преображенского в Борисоглебский собор, где почивали мощи святителя. У входа в пещеру процессия остановилась. Митрополит, архиереи и несколько священнослужителей вошли в пещеру и переложили мощи в новый кипарисовый гроб. Неся на носилках гроб с мощами, процессия возвратилась в Спасо-Преображенский собор. Всенощное бдение продолжалось.
В конце его черниговский епископ Антоний сказал: «Верую, что Господь Бог, дивный во святых Своих, пошлёт человека, который, на основании уже собранных материалов и имеющих ещё поступить к нам, подробно изложит пред нами все черты жизни угодника Божия, представит пред нами по возможности полный образ его, и в чудесных знамениях и милостях, от него совершавшихся и совершающихся, укажет нам силу Божию, которая так многообразно проявляется и в немощах человеческого естества, когда всемогущему Господу угодно это по судьбам Его Промысла».
На полиелее все служители вышли на середину храма. Принесли ключ от гроба святителя, лежавший на престоле. Митрополит отпер гроб и открыл крышку. Священнослужители запели величание святителю. После Евангелия все стали с молитвой прикладываться к мощам.
Всю ночь храм не закрывали. При этом обездвиженный крестьянин встал, слепой ребёнок прозрел.
22 сентября были отслужены две Литургии. Во время поздней Литургии гроб с мощами святителя перемещали так, будто он сам был служащим. По окончании Литургии и крестного хода гроб с мощами святителя в серебряной раке был установлен на правой стороне собора.
Празднование продолжалось ещё три дня. Около 150 тысяч богомольцев побывало за это время у мощей святителя.
На первую годовщину канонизации, в 1897 году, почтить святителя приехал известный и уважаемый пастырь, прот. Иоанн Кронштадтский.
В начале ХХ века была составлена служба черниговскому чудотворцу. На зиму мощи его переносили в отапливаемый Борисоглебский собор. Чернигов стал одним из мест паломничества. В кафедральном храме велась тетрадь с записью случаев чудесного исцеления. В сентябре 1911 года поклониться свт. Феодосию прибыли члены императорской семьи.
После революции 1917 года Пятый губернский съезд Советов Черниговщины постановил мощи Феодосия открыть и освидетельствовать, что и было сделано в присутствии врачей и священнослужителей. Мощи оказались в хорошей сохранности, и медики не смогли дать нужного властям заключения.
Начались мытарства мощей святителя Феодосия. Их хотели выставить на всеобщее обозрение в местном этнографическом музее, но верующие воспротивились. Повторное освидетельствование мощей с участием московских врачей тоже оказалось невразумительным.
Мощи отправили в Москву, оттуда они перекочевали в Ленинград в Казанский собор (как и большинство других мощей), превращённом в музей религии и атеизма.
После войны мощи святителя Феодосия вернулись в Чернигов. Сейчас они находятся в кафедральном Троицком соборе города.
Святителю отче наш Феодосие, моли Бога о нас!
22 сентября 2021 года, в день обретения и перенесения мощей святителя Феодосия, архиепископа Черниговского, митрополит Пензенский и Нижнеломовский Серафим совершил Божественную литургию в пензенском храме в честь святителя Митрофана, епископа Воронежского, левый придел которого освящен в честь приснопоминаемого святителя.
Его Высокопреосвященству сослужили иерей Павел Колесников, настоятель Митрофановского храма г. Пензы; протоиереи Андрей Савушкин, Владимир Ольхов; иерей Сергий Червяков, диаконы Ростислав Горшенев, Богдан Яворский, Георгий Насонов.
Богослужебные песнопения исполнил хор храма святителя Митрофана Воронежского под управлением регента Веры Насоновой.
Проповедь перед причастием произнес протоиерей Андрей Савушкин.
По заамвонной молитве митрополит Серафим возглавил крестный ход вокруг храма, после чего было совершено славление перед образом святителя Феодосия, архиепископа Черниговского.
По окончании богослужения настоятель храма иерей Павел Колесников поблагодарил владыку Серафима за архипастырский визит и совместную молитву в день престольного праздник. В ответном слове глава Пензенской митрополии поздравил духовенство и верующих с днем обретения и перенесения мощей святителя Феодосия Черниговского, после чего обратился к пастве со словом проповеди.
