Более четверти века Великий угодник Божий Николай Мирликийский возглавлял свою паству и, достигнув глубокой старости, умер «в возрасте старше 70 лет», «после непродолжительной телесной болезни... он перешел в вечную блаженную жизнь» 6 декабря 335 г. от Рождества Христова. На погребение святителя Николая «собрались епископы Ликийской страны со всем клиром» и народ из разных городов. Честное тело святителя было захоронено около церкви Святого Сиона, в которой он служил.
В XI в. обстановка в Византийской империи была неблагоприятна для христиан. Византийский престол после смерти Василия II (1025 г.) занимали слабые, часто сменявшиеся императоры; как раз в это время восточной империи стали грозить серьёзные опасности. В Передней Азии сельджуки совершали свое опустошительное движение на Запад, и к 1081 г. византийцы потеряли всю Малую Азию.
Это вынуждает христиан, жителей Мир, переселяться в более безопасное место, находящееся в трех километрах от старых Мир. В самом же храме остаются служить только несколько монахов. В 1086 г. святитель Николай «явился в видении трем человекам, приказывая им объявить жителям города Миры, которые, боясь турок, ушли отсюда на гору, чтобы они возвратились жить и стеречь город, или знали, что он переселится в другое место». Однако жители не вняли предупреждению своего Великого святителя.
В Европе к концу XI в. усилились призывы на борьбу с неверными. Рассказы возвращавшихся пилигримов вызывали в религиозно настроенных массах западных христиан сильное негодование против сельджуков и сожаление об участи города Миры. На Западе понимали, что христианские святыни в Византии обречены на поругание и уничтожение. Поэтому европейцы, особенно после раскола 1054 г., во время путешествий на Восток считали нормальным похитить святыню и вывезти её к себе на родину. Стремление к захвату как можно большего количества реликвий было не только религиозным рвением, но и политическим расчетом. В Средневековье считалось престижно иметь в родном городе мощи множества святых, которые таким образом становились покровителями города. Они оберегали граждан и были гордостью государства. Никто не обращал внимание на то, каким образом мощи приобретены, главное — ими владеть, а святой будет покровительствовать тому, кому они принадлежат.
В то время многие города, став обладателями мощей святых, превращались в места паломничества, что приводило к экономическому процветанию города. Мы можем предположить, что городская знать решила для возрождения экономического благополучия Бари приобрести мощи какого-нибудь святого, и ее выбор пал на известного и почитаемого Николая Чудотворца из Мир Ликийских. Возможно, это предпочтение было обусловлено относительным удобством доставки святыни. Мощи святого находились на морском пути в Сирию, куда барийские купцы плавали для торговли зерном и тканями.
В 1087 г. в городе Бар, святитель Николай явился во сне честному и благоговейному священнику и велел: «Иди и скажи людям и всему собору церковному, чтобы они пошли и взяли меня из Мир и положили в городе этом, ибо не могу там пребывать на месте пустом. Богу так угодно». Сказав это, «святитель стал невидим». Утром в церкви священник поведал клиру и народу о своем видении. Все бывшие в церкви, услышав о видении их пастыря, радостно воскликнули: «Господь послал теперь Свою милость на людей и город наш, ибо удостоил нас принять мощи Его святого Угодника Николая». Для исполнения воли Чудотворца «...итальянцы спешно и тайно подготовили целую морскую экспедицию».
Баряне отправились за драгоценными мощами на трех судах. Имена участников экспедиции записаны на пергаменте, который хранится в сокровищнице Никольской базилики Бари. Опасаясь, что кто-нибудь другой сможет их опередить, барийцы предусмотрительно решили скрыть цель своего путешествия под видом торговли зерном и для этого нагрузили свои корабли пшеницей. Первым делом караван из трех судов направился в Миры в Ликии. Барийцы послали в разведку матроса под видом паломника, который сообщил, что «в крепости, где находится базилика святого, немало турок; умер начальник гарнизона, и собрались хоронить его». Барийцы сразу направили свои корабли в порт Святого Симеона в Антиохии, где узнали, что венецианцы направляются в Миры с целью забрать тело св. Николая. Надеясь опередить их, баряне решили немедленно завершить своё предприятие.
11 апреля 1087 г. сорок семь барян, хорошо вооружившись, отправились в храм Святого Сиона, где находились мощи свт. Николая. Добравшись до церкви и спрятав оружие, они "со смирением" вошли в храм, в котором находилось четверо беззащитных сторожей-монахов. Одни из барийцев обратились с просьбой к монахам о выделении им части мира (манны) от мощей святителя Николая, другие стали молиться, изображая паломников. В конце концов путешественники открыли монахам свой план — перенести мощи чудотворца в Апулию. Возможно, сперва монахи не восприняли намерение посланников из Бари всерьез. Они сказали, что Святой никому никогда не позволял переносить его останки в другое место; даже императору Василию Македонянину пришлось отказаться «от намерения перенести в Константинополь». «Святый исповедник Божий не попустит вам взять его», — отговаривались монахи. Барийский пресвитер по имени Луп держал в руках стеклянный сосуд, который монахи храма наполнили миром от мощей. Он решил принять участие в переговорах со сторожами и поставил флакон на верх невысокой колонны у алтаря. Во время спора отец Луп по неосторожности задел сосуд, и тот с «великим треском» упал на мраморный пол, но не разбился. Пришельцы увидели в этом знамении благоприятный знак выражения воли Бога и святого Угодника, якобы святитель сказал им: «Вот могила, в которой я лежу, возьмите мое тело и идите к людям в Бари, которым я буду покровительствовать и защищать».
Сторожа связали, и некто по имени Матфей (возможно, лидер), приставил нож к горлу монаха, угрожая смертью, если тот не укажет местонахождения мощей. Монах отвечал ему: «Скорее умрем, нежели дадим взять святого». Другой сторож, желая избавить собрата от смерти и понимая, что сопротивление бесполезно, сказал: «Сын мой, почему ты несправедливо напал на нашего брата?.. Многие пытались завладеть мощами, но не смогли. По всей видимости, пришло время исполнения обещания, которое дал святитель год назад». Услышав это, итальянцы попросили рассказать им о видении святого Николая, бывшего в 1086 г. трем жителям Мир. Барийцы расценили это как еще одно основание для переноса останков Великого святого к себе на родину. Служитель храма указал Матфею отверстие в полу, из которого монахи извлекали «кисточкой святую влагу». Барийцы поняли, что это то место, где находятся мощи святителя Николая. Матфей спрятал свое оружие и, взяв железный лом, стал бить в мраморный пол.
Разбив мозаику на полу, барийцы обнаружили древнюю кирпичную кладку и стали углубляться в землю, пока не обнаружили крышку белого саркофага. Отцы Луп и Гримоальд стали молиться. Барийцы пришли в замешательство и боялись вскрыть гробницу святителя Николая. Откопав до половины крышку саркофага, никто не решался его открыть, «чтобы не превратиться в камень». Матфей ударом молотка разбил мраморную плиту. Когда удалили осколки, обнаружили «внушительных размеров» саркофаг, «полный святой влаги», и почувствовали чудесный аромат. Итальянцы решили, что Угодник Божий согласен на перенесение мощей.
Найдя в гробнице череп, Матфей бережно передал его священникам и вылез из гробницы. В это время «некоторые из стоявших кругом моряков, тайком взяв маленькие частички от святых мощей, скрыли их». Также итальянцы взяли несколько крупных осколков саркофага святого, которые, как великая святыня, позже были вмонтированы «в престолы многих храмов Италии». Осмотр данных фрагментов позволяет с уверенностью говорить о том, что лжегробница, выставляемая в Демре, не соответствует цвету, размерам и материалу настоящего саркофага. Вот почему мы с уверенность можем утверждать, что до нашего времени гроб святителя Николая не сохранился.
Как только итальянцы «разместили мощи с великим благоговением в очень маленьком деревянном ящике» и начали отдаляться от берега, они увидели бегущих к берегу моря жителей Мир, которые рыдали и бросались в море, хватались за весла с криками: «Отдайте отца нашего и господина нашего!». Барийцы пытались «успокоить» местных жителей тем, что им остался гроб, полный святой влаги от мощей святителя, и чудотворная икона святого Николая. «Теперь воля его уйти отсюда, чтобы и другия части мира просвещать». Жители Мир вернулись в ограбленный храм и обнаружили, что некоторая часть оставалась погруженной в миро. Опасаясь новых нападений и грабежей, они приняли решение снова сокрыть святые останки под пол, что и было выполнено. Возможно, для того чтобы предотвратить последующие попытки хищения мощей и запутать будущих святотатцев, местные жители решили выставить у храма поврежденный саркофаг, взятый с «царского некрополя, расположенного вдоль дороги в порт Андриаке». Они выдавали его за гроб святого Николая, ограбленный барийцами, внутрь которого поставили сосуд с миром от мощей святителя Николая. Этот обман нашел продолжение и в наше время. Данный саркофаг до сих пор демонстрируют в храме-музее современного города Демре, выдавая за настоящую гробницу Николая Чудотворца. Археологические исследования показали, что святитель не мог быть захоронен или перезахоронен в данной галерее и в саркофаге, ранее принадлежавшем язычнику.
Также до сих пор в Турции паломникам и туристам рассказывают местную легенду о том, что «спешащие итальянские купцы уронили несколько костей», а позже «эти частицы были заботливо собраны... жителями Мир», сложены в ларец, «который выставляется в музее Анталии». Это утверждение является выдумкой. На самом деле мощи несли бережно, а кости, выставляемые как экспонат в залах музея археологии, были подарены музею «некой итальянкой в 1925 г.» В 2004 г. профессор судебной патологии Франческо Интрона изучил кости, экспонируемые в музее Анталии, и пришел к выводу, что данные кости не соответствуют останкам, находящимся в гробницах Бари и Венеции, и, более того, принадлежали молодому человеку. Только в 2011 г. экспертами министерства туризма Турции кости, выставлявшиеся в Анталии как останки Ноэль Бабы, были признаны поддельными. В связи с этим они удалены из экспозиции музея.
Корабли прошли еще около четырнадцати миль до острова Мегисти. Далее, пройдя около пяти миль, они были вынуждены из-за усилившегося ветра приблизиться в направлении Патар, города, где родился Святой Николай. Однако буря и всё еще относительная близость к Мирам заставили барийцев сняться с якоря и пришвартоваться в бухте у Пердиккеи в трех милях пути. Измученные непогодой моряки решили, что святитель не дает благословения на путешествие. Некоторые из моряков предложили оставить мощи в Патарах или вернуть в Миры. Один из членов команды предположил, что часть мощей могла быть похищена во время поднятия мощей в храме в Мирах. Командиры кораблей с этим согласились и решили собрать всех участников компании, обязав поклясться на Евангелии, что не спрятали у себя частиц от святых мощей Николая Чудотворца. Пятеро из моряков признались в утаивании некоторой части останков святого при извлечении их из саркофага в Мирах. Так, «Гримоальд сознался, что присвоил два зуба» святого. «Тут все отдали свое обратно и восполнили все члены, каждый принеся, что взял». Утром буря улеглась, и ветер поменялся на благоприятный для плавания. Барийцы поняли, что их священный долг — доставить в Бари мощи святого в целости.
Сразу после прибытия мощей святого угодника «от них потекли многочисленные исцеления».
8 июля 1087 г. началось масштабное строительство новой церкви в честь святителя Николая, для чего пришлось снести несколько строений, в том числе и несколько церквей.
Через два года строительство храма было окончено. К этому же времени для мощей святителя была приготовлена «рака серебряная позлащенная», «украшенная драгоценными камнями». 1 октября 1089 г. по приглашению архиепископа Илии Папа Римский Урбан II «вложил мощи святого в серебряную раку» и перенес их в церковь, находящуюся в крипте строящегося собора. Тогда же Папа Урбан назначает на 1090 г. первое празднование перенесения мощей, а в 1092 году этот праздник появляется на Руси. Здесь обращает на себя внимание тот факт, что церковное воспоминание о перенесении мощей, учрежденное уже Западной Католической церковью, нашло свое место и в русской православной традиции. Греческая Православная церковь не хранит память об этом событии: «В летописях и памятниках Греко-восточной церкви и в частности Византии доселе не найдено известий о перенесении мощей святителя Николая из Мир Ликийских в город Бар».
Слава о чудесах и исцелениях, происходивших от мощей святителя Николая, быстро разнеслась по всей Европе. Многие храмы, монастыри и правители пытались завладеть частицей мощей Святого. Осуществляя богатые пожертвования, многие рассчитывали на передачу частицы мощей. Это спровоцировало неоднократные попытки кражи части мощей уже из Бари.
Так, в 1092 г. во время очередного посещения Апулии барон Вильям Пантулф получает в дар от барийцев «зуб великого мужа» и два осколка от саркофага святителя Николая из Мир Ликийских, которые везет к себе на родину в Англию. Однако барийцы, помня о случае с кражей фрагментов тела Святого при поднятии его из гробницы в Мирах Ликийских и дальнейших препятствиях в плавании до полного возврата похищенного, как правило, отказывали в передаче частиц мощей.
После этого было решено сокрыть останки святого и прекратить к ним доступ. Местное предание сообщает, что святитель Николай явился во сне одному монаху и сказал: «Благоволением всесильного Бога я пришел к Вам в город Бар; теперь я хочу, чтобы мощи мои были положены под престолом». Воля святого Угодника Божия была исполнена — его мощи были положены под престол, где находятся и в настоящее время.
В Митрофановской церкви в день праздника состоялась Божественная Литургия в 8.00, которую возглавил настоятель - священник Павел Колесников. Затем был отслужен водосвятный молебен и заупокойная панихида. Проповедь на Литургии произнес иерей Павел Колесников. Панихида была также отслужена и на месте упокоения митрофорного протоиерея Николая Тарасова, который долгое время являлся настоятелем Митрофановского храма.
Богослужебные песнопения исполнил хор Митрофановского храма под управлением регента Веры Насоновой.